Species-specific surface dwell times and accumulation of microbes investigated by holographic microscopy
Notice bibliographique
Résumé
Microscopic swimmers, such as bacteria and archaea, are paradigmatic examples of active matter systems. The study of these systems has given rise to novel concepts such as rectification of bacterial swimmers, in which microstructures can passively separate swimmers from non-swimming, inert particles. Many bacteria and archaea swim using rotary molecular motors to drive helical propellers called flagella or archaella. The arrangement of these filaments around the cell body varies between species, yielding a range of swimming patterns. Solid boundaries might affect these swimming patterns in different ways, limiting the generality of artificial rectification devices. We performed three-dimensional cell tracking on four species of bacteria with different flagellation patterns ( Escherichia coli , Salmonella enterica , Campylobacter jejuni and Shewanella putrefaciens ), and compared these to two environmental isolates of archaea, previously identified with the genera Haloarcula and Haloferax . Despite differences in the cells’ flagellation patterns, swimming speeds and swimming patterns, we find that the shapes of cell tracks as individuals leave surfaces are surprisingly consistent. This information reduces the potential parameter space for the design of artificial rectification devices, and increases the possibility of constructing a multi-species bacterial rectifier. This article is part of the theme issue ‘Biological fluid dynamics: emerging directions’.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».