Assessing targetable NTRK1/2/3 fusions in mesenchymal tumors via whole-exome RNA sequencing
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Neurotrophic receptor tyrosine kinase (NTRK) 1/2/3 fusions, though rare, are highly sought in cancer diagnostics due to tyrosine kinase inhibitors' histology-agnostic approval based on significant efficacy across tumor types. In mesenchymal tumors, these fusions are identified in five typical NTRK-rearranged mesenchymal tumors (NMT): infantile fibrosarcomas, lipofibromatosis-like neural tumors, NTRK-rearranged spindle cell neoplasms, and minority subsets of ALK-negative inflammatory myofibroblastic tumors and quadruple wild-type gastrointestinal stromal tumors. However, their occurrence in other subtypes and actionability remain uncertain. METHODS: This retrospective study included adult and pediatric patients with mesenchymal FFPE (formalin-fixed, paraffin-embedded) tumor samples collected between January 2016 and March 2023. Eligible samples underwent whole-exome RNA sequencing (WERS) for mesenchymal tumor diagnosis or theranostic assessment. Results were reviewed by a multidisciplinary molecular board to assess technical, biological, and clinical relevance. RESULTS: Among 3015 samples, primarily malignant, intermediate, and benign mesenchymal tumors, 111 (3.68%) harbored at least one bioinformatically detected NTRK fusion. Forty-three were biologically irrelevant due to absent kinase domains (group 1), and 11 were technical false positives (group 2). Of the 57 robustly identified cases (1.8%), 54 were typical NMT subtypes with canonical gene partners (group 3). Group 4 included three rare fusions in genetically complex sarcomas: MDM2/CDK4-amplified liposarcoma, MDM2/CDK4-amplified intimal sarcoma, and uterine leiomyosarcoma. These cases featured novel fusion partners, higher fusion counts, and comparable single nucleotide variants (SNVs) to group 3. CONCLUSION: WERS reliably identifies actionable NTRK fusions, predominantly in five NMT subtypes, whereas NTRK fusions were rare and extremely rare in other sarcomas where their targetability remains unclear. Routine NTRK screening should prioritize tumors suspected of being NMT rather than being broadly applied.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».