Genomic analyses of five <i>Fusarium</i> species infecting cannabis ( <i>Cannabis sativa</i> L.) plants in Canada and their potential for mycotoxin production
Notice bibliographique
Résumé
Fusarium species are important pathogens that affect many vegetable, cereal, and pulse crops in Canada. These pathogens also infect a diverse range of horticultural crops, including cannabis (Cannabis sativa L.). A range of disease symptoms have been reported on cannabis plants upon infection by several Fusarium species, which include root rot, wilting, stem rot, and bud rot. In this study, we report the genome sequences of five Fusarium species that were recovered from symptomatic greenhouse-grown cannabis plants in British Columbia: F. graminearum, F. sporotrichioides, F. culmorum, F. proliferatum, and F. oxysporum. Comparative genomic analysis revealed that the isolates from cannabis displayed a high percentage genome alignment to currently recognized pathogenic Fusarium species infecting other crops. This may suggest that horizontal transmission of the pathogens has occurred between these crops, potentially through air, soil, or seed-borne inoculum. In addition, analysis of secondary metabolites and toxin production in the Fusarium species affecting cannabis indicated they have the potential to produce several mycotoxins, including trichothecenes, fumonisin, zearalenone, beauvericin and culmorin. Further epidemiological and in planta studies are needed to establish the extent to which horizontal spread of Fusarium species from horticultural and field crops to cannabis plants is occurring and the impact this can have on post-harvest quality and mycotoxin production. Studies on genetic changes that may be occurring in the Fusarium species as they adapt to cannabis as a host would provide evolutionary insights into the pathogenicity of this complex, versatile and important group of plant pathogens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».