The Potential Role of Haploblocks in the Persistence of Small, Isolated Populations of Brook Trout (<i>Salvelinus fontinalis</i>)
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Understanding the role of structural variants such as chromosomal inversions in local adaptation among small, isolated populations is an important addition to robust conservation strategies, as most studies investigating inversions to date have been conducted on high gene flow systems. Brook Trout ( Salvelinus fontinalis ), an economically important top sportfish, is extremely vulnerable to thermal stress. Local adaptation with respect to this trait warrants investigation as climate change accelerates the loss of cold‐stream ecosystems. We performed low‐coverage whole‐genome sequencing on 192 Brook Trout from 9 small, isolated streams in Nova Scotia, Canada, to assess genetic diversity within and among stream populations. We detected four structural variants in the three westernmost populations, which differ from all other streams in water temperature, streamflow, and surficial geology. The structural variants appear to be chromosomal inversions. These genomic regions exhibit high linkage disequilibrium, and PCA revealed the presence of three karyotypes. Redundancy analysis provides support for potential local adaptation, with temperature, pH, and streamflow being important predictors of genomic variance and statistically significant SNPs falling within potential inverted regions. Mitogenome analyses suggest that a single glacial lineage recolonized the region. Individuals carrying the potential chromosomal inversions exhibited one of five related mitochondrial DNA haplotypes, but these haplotypes were found also in individuals without the potential inversions, suggesting they arose post‐recolonization. The genetic differentiation among the nine surveyed Brook Trout populations persists even after exclusion of the potentially inverted regions, suggesting these regions do not control the population structure of these Brook Trout populations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».