American lobster (Homarus americanus) immune gene expression during Aerococcus viridans var. homari challenge
Notice bibliographique
Résumé
The Canadian lobster (Homarus americanus) fishery is Canada's most economically significant fishing industry and is a critical component of many rural Atlantic Canadian communities. Aerococcus viridans var. homari is a Gram-positive bacterium that can cause mortalities in wild and live-stocked lobsters. We used an RNA sequencing (RNA-seq) approach to examine the expression of more than 29,000 hepatopancreatic genes in H. americanus during an A. viridans var. homari infection challenge to determine how lobster immune gene expression changes during infection. The infection challenge identified 1,803 differentially expressed genes, of which at least 87 are related to immune or stress responses. Of particular note are several anti-lipopolysaccharide factors (ALFs), pentraxin serum amyloid A (SAA), lectins, Toll-like proteins, cytokines, relish, cactus, myeloid differentiation factor, and genes related to antioxidant defence, coagulation, and hyperglycemic hormone regulation. Compared to a previous study using microarray technology, our RNA-seq approach uncovered a broader array of immune genes that were previously undetected in H. americanus. This study provides additional evidence that ALFs and SAA-5-like proteins are critical players in immune defence. Differential expression of ALFs and lectin genes may indicate a tailored response specific to A. viridans var. homari, highlighting the complexity of the immune system of lobster in recognizing and responding to specific pathogens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,003 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».