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Enregistrement W4414190237 · doi:10.1101/2025.09.14.676131

Molecular rewiring of human induced pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes during metabolic maturation

2025· preprint· en· W4414190237 sur OpenAlexafffund
Homa Hamledari, Farah Jayousi, Ramon I. Klein Geltink, Philipp F. Lange, Glen F. Tibbits, Sheila S. Teves

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2025
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePluripotent Stem Cells Research
Établissements canadiensUniversity of British ColumbiaBC Children's HospitalSimon Fraser University
Organismes subventionnairesCanada Research ChairsStem Cell Network
Mots-clésInduced pluripotent stem cellEpigenomemTORC1Stem cellEpigeneticsChromatinGeneTranscriptome

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Human induced pluripotent stem cell–derived cardiomyocytes (hiPSC-CMs) are widely used to model cardiac development and inherited cardiomyopathies, yet their immature metabolic state limits interpretation of disease-associated molecular programs. While multiple strategies promote structural and functional maturation, less is known about the molecular regulation of metabolic maturation as a distinct developmental transition. Here, we examine how metabolic maturation reshapes molecular and metabolic states in wild-type and TNNT2 -linked hypertrophic cardiomyopathy (HCM) hiPSC-CMs. Using integrated transcriptomic, chromatin accessibility, proteomic, and metabolic profiling, we define the molecular trajectory associated with metabolic maturation in wild-type hiPSC-CMs, characterized by coordinated transcriptional and epigenetic remodeling, enhanced mitochondrial oxidative metabolism, and progressive suppression of mTORC1 signaling. In contrast, hiPSC-CMs carrying TNNT2 HCM variants (I79N +/− and R278C +/− ) exhibit variant-specific deviations from this metabolic maturation trajectory. While early CM differentiation is largely preserved, metabolic maturation reveals defects in mitochondrial respiration and chromatin organization, with the more clinically severe I79N +/− variant showing sustained metabolic impairment. We further find that mTORC1 activity is temporally misregulated during metabolic maturation in HCM hiPSC-CMs, with reduced signaling at early stages and normalization at later time points. Pharmacological inhibition of mTORC1 with rapamycin partially improves disease-associated protein expression signatures in the I79N +/− variant, particularly when applied during early differentiation. Together, these findings demonstrate that TNNT2-linked HCM involves disrupted metabolic maturation programs coupled to altered gene regulatory states, highlighting metabolic maturation as a critical context for studying cardiomyopathy-associated molecular phenotypes in hiPSC-CMs.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,238
Écart entre enseignants0,225 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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