A Genetically Encoded Assay System to Quantify <i>O</i>‐GlcNAc Transferase (OGT) Activity in Live Cells
Notice bibliographique
Résumé
Abstract O‐GlcNAc transferase (OGT) catalyzes O‐GlcNAcylation of many nucleocytoplasmic proteins and plays important roles in regulating diverse cellular functions. Dysregulation of OGT is implicated in various diseases, including cancers and neurodegeneration. Despite its vital roles, little is known about how this enzyme is regulated within cells in part because no current assays directly report on its activity within cells. Here we describe a genetically encoded reporter of cellular OGT glycosyltransferase activity by exploiting the transferase‐dependent proteolytic activity of OGT on host cell factor‐1 (HCF‐1). The reporter comprises sites at which OGT cleaves HCF‐1, which are flanked by two different fluorescent proteins that are linked to either nuclear export or import sequences. OGT‐catalyzed cleavage of this construct leads to separation and independent localization of these two fluorescent proteins. By quantifying their nuclear and cytoplasmic distributions, OGT activity can be measured. We validated this OGT cellular activity reporter (CAR) system using known modulators of the O‐GlcNAc pathway and assessed the effects of several metabolites on OGT activity. Analyses of the dose‐ and time‐dependent effects of these OGT modulators illustrate the sensitivity and precision of this OGT‐CAR strategy. We envision this OGT‐CAR system will aid in discovering and characterizing modifiers of OGT activity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».