Genomic and Mitonuclear Patterns of Divergence Among Recently Diverged White‐Crowned Sparrow Subspecies
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Genetic divergence and subsequent speciation are possible within the range and habitat of a population. White‐crowned sparrows are comprised of five subspecies that thrive in a wide range of habitats, latitudes, and elevations across North America, suggesting the ability for local adaptation and rapid divergence. We assessed genome‐wide genetic differentiation in four populations of white‐crowned sparrow ( Zonotrichia leucophrys gambelii , Z. l. oriantha (northern and southern), and Z. l. pugetensis ) and compared patterns of genetic structure using outlier single nucleotide polymorphisms (SNPs), including mitochondrial (255 SNPs) and Z chromosome (580 SNPs) loci. When these four populations are assessed using the full SNP dataset, three genetic clusters are identified: pugetensis , southern oriantha , and northern oriantha grouped with gambelii . However, four genetic clusters are supported by the Z chromosome outlier SNPs corresponding to three subspecies and a north–south split in Z. l. oriantha . Our analyses pointed to consistent divergence of Zonotrichia leucophrys pugetensis from other populations and mitochondrial SNPs showed overlap of southern Z. l. oriantha and Z. l. gambelii . Interestingly, northern Z. l. oriantha populations are more genetically similar to Z. l. gambelii as opposed to its sister population, the southern Z. l. oriantha . We found a region on the Z chromosome with highly elevated F ST among all the populations. The genetic clusters identified in our study may be suggestive of evolutionary events such as selection on the Z chromosome, and this may be driving divergence in white‐crowned sparrows.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».