Lung Microbiota in People Diagnosed with HIV and Pneumonia: A Colombian Cohort Study
Notice bibliographique
Résumé
The lung microbiota plays a key role in respiratory health, but its composition in individuals living with HIV and diagnosed with community-acquired pneumonia (CAP) remains underexplored. A prospective cohort study in Medellín, Colombia recruited individuals with CAP and/or HIV between 2016 and 2018. Clinical and microbiological data were collected at baseline, with bronchoalveolar lavage samples obtained at baseline and induced sputum samples collected at baseline and 6-month follow-up. Microbiota composition was analyzed in these samples using Illumina MiSeq sequencing of the 16S ribosomal RNA gene. Among 248 screened participants, 64 were included: HIV and CAP (n = 27), CAP (n = 7), and HIV (n = 30); 70.3% were males, and 76.6% were between 25 and 64 years old. The HIV and CAP group had a lower proportion of receiving antiretroviral treatment and a higher prevalence of advanced immunosuppression. The most frequent micro-organisms identified by conventional methods in the HIV and CAP group were Mycobacterium tuberculosis (40.7%) and Pneumocystis jirovecii (18.5%). The dominant phyla (Firmicutes, Proteobacteria, Fusobacteria, Bacteroidetes, and Actinobacteria) and genera (Streptococcus, Haemophilus, Veillonella, Neisseria, and Fusobacterium) were identified in the overall study population, including both baseline and 6-month follow-up samples. The HIV and CAP group showed changes in bacterial diversity and relative abundance over 6 months. These findings provide insights into the dynamic lung microbiota in individuals coinfected with HIV and CAP, highlighting the impact of HIV and CAP on microbial composition and diversity, which may inform future studies exploring clinical outcomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».