The complete λ-carrageenan depolymerization cascade from a marine Pseudoalteromonad revealed by structural analysis of the enzymes
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Notice bibliographique
Résumé
Carrageenans are a complex group of polysaccharides derived from the cell walls of red macroalgae. They are an abundant, yet recalcitrant, nutrient source for most marine heterotrophic bacteria. Some member species of the Pseudoalteromonas genus are effective at metabolizing carrageenan. However, the enzymatic pathway for λ-carrageenan, one of the most sulfated naturally occurring polysaccharides, remains unknown. Using detailed structural analysis by X-ray crystallography, we reveal the sophisticated and cyclic enzymatic cascade deployed by Pseudoalteromonas distincta (strain U2A) to utilize λ-carrageenan. The cascade incorporates 10 glycoside hydrolases and five sulfatases that are specific for λ-carrageenan and cooperate to completely deconstruct this polysaccharide, thus yielding galactose monosaccharides for subsequent energy production. The detailed molecular understanding of λ-carrageenan depolymerisation provided includes structural evidence for a lesser described sulfatase catalytic mechanism and elucidation of a distinct catabolic cascade that is unique from previously described carrageenan metabolic pathways. This insight also holds potential for the application of enzymatic logic in the generation of high-value products from abundant natural biopolymers, such as carrageenans.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle