Parallel but distinct adaptive routes in the budding and fission yeasts after 10,000 generations of experimental evolution
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Quantitative genetics approaches designed to understand the evolution of traits have helped improve our understanding of the genetic basis of adaptation. However, they often overlook crucial aspects of adaptation, including the long-term temporal evolutionary dynamics, the predictability of evolutionary outcomes, the influence of past evolution on future evolutionary trajectories (contingency), and the diversity of molecular mechanisms underlying adaptation. Experimental evolution has been a useful tool for answering these questions, but extracting fundamental principles and predictive features of evolutionary outcomes from these datasets remains challenging due to the large number of covariates and confounding effects, such as differences in experimental setup, species lifestyle, gene content, and evolution rate. Here, we sought to circumvent these challenges by comparing distant yeast species that share several evolutionary features but differ mainly in evolutionary history and genome architecture, i.e. Saccharomyces cerevisiae and Schizosaccharomyces pombe . Thus, we evolved 10 populations of the fission yeast for 10,000 generations in the same conditions as a pre-existing budding yeast dataset (i.e. high-sugar media and hypoxic conditions), allowing us to observe repeatable evolutionary outcomes within species but diverse molecular mechanisms and targets of adaptation across species. The most frequent adapting route in these conditions involved upregulating fermentation genes and downregulating the glycolysis gene pyk1 , which has not previously been observed in S. cerevisiae evolved populations or in wild Kluyveromyces lactis, but similar evolutionary paths have been observed in Schizosaccharomyces japonicus and in clinically relevant populations, such as some cancer cells. This suggests that parallelism is pervasive in the tree of life and that mechanisms of adaptation can be shared among closely related or distant species. Despite similar gene content and identical environments, recurrent adaptation across S. pombe populations involved different genes than in S. cerevisiae and was mostly detectable at the transcriptomic level. This suggests that trans-regulatory effects may play an important role in adaptation on short evolutionary timescales and that differences in evolutionary outcomes between these species may be attributed to contingency.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».