A biotin ligation assay reveals a complex proxiome for HLA-A2 and implicates MIA3 in cell surface expression of MHC class I molecules
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Antigen presentation via MHC class I molecules (MHC-Is) is a turning point in the establishment of immune responses to endogenous threats, such as viruses. From their synthesis to their cell surface display, MHC-Is travel to many compartments, including the ER, Golgi, and endosomes. They come close to a plethora of molecules, some of which regulate directly or indirectly their folding and trafficking. While many of these proteins are well characterized, such as those found in the peptide loading complex, others remain to be discovered. The proxiome can be studied using proximity labeling assays, such as BioID, which relies on a biotin ligase fused to a bait of interest that biotinylates lysine residues on nearby proteins. These modified targets can then be purified and identified by mass spectrometry. By fusing BioID to the HLA-A2 cytoplasmic tail, we have applied this technique to the MHC-I antigen and identified 209 potential specific interactors in HEK293 cells, including PDZD8 (LYVAC) and MIA3 (Tango1). We knocked out MIA3 in HEK293 cells and measured an increase in the expression of MHC-I molecules, suggesting a role for this vesicle budding protein in the regulation of MHC-I trafficking. Notably, MHC-I crosslinking identified targets that connect reverse signalling to diverse metabolic processes. Altogether, our results underscore the promise of HLA-coupled biotin ligases as a powerful approach to dissect antigen presentation pathways.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».