Hydration (H<sub>2</sub>O and D<sub>2</sub>O) Dictates the Stabilities and Conformational Entropy of Transthyretin Tetramers
Notice bibliographique
Résumé
High Resolution Image Download MS PowerPoint Slide Transthyretin (TTR) is a 56 kDa tetrameric protein complex that plays a key role in transporting thyroxine and retinol. Despite its important biological role, TTR exhibits adverse effects, including disassembly into monomers, dimers, and trimers that then aggregate into disease-causing oligomers and fibrils. Hydration (referring to H 2 O or D 2 O) has been shown to have strong effects on TTR tetramer stabilities; however, probing how perturbation of hydration alters tetramer dynamics and stabilities is challenging. Here, we use variable-temperature (5–50 °C) electrospray ionization and ion mobility-mass spectrometry to better understand the influence of D 2 O and H 2 O hydration on the structures, stabilities, and dynamics of both wild-type TTR and several mutants (TTR L55P, TTR V30M, TTR T119M, and TTR V122I ). Our findings include the following: (i) TTR tetramers in D 2 O have lower average charge states compared to those in H 2 O at temperatures between 5 and 50 °C; (ii) there are fewer disassembly products (monomers and dimers) in D 2 O compared to H 2 O at different temperatures; and (iii) the relative abundances of compact versus extended tetrameric forms are shifted in D 2 O compared to H 2 O. Results from hydrogen–deuterium exchange (HDX) combined with bottom-up proteomics of different TTR mutants are consistent with hydration in β-sheet and interface-forming regions providing tetramer stability. Additionally, HDX combined with bottom-up proteomics indicates that shifts in hydration at the interface are responsible for the observed differences between mutants. Overall, our results show that D 2 O significantly alters the TTR stabilities and conformational entropy, highlighting the important role that hydration plays in protein dynamics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».