Open-space microfluidics as a tool to study signaling dynamics
Notice bibliographique
Résumé
The temporal dynamics of cell signaling are a crucial way for cells to regulate their transcriptional targets and consequently may heavily influence cell responses. Improving our understanding of signaling dynamics is important for drug treatments targeting specific signaling pathways. However, studying signaling dynamics requires multiplexed, time-sensitive experiments. Here, we use an open-space microfluidic device, the microfluidic display, which enables liquid delivery from above a surface, forming defined and stable confinement zones without enclosing samples into a chip. A device with rapid reagent switching (<7 seconds) and 6 independent confinement areas is first designed. Using this platform, we study the Notch pathway in engineered C2C12 cells to display constitutively active Notch receptors upon which we force highly controlled time-dependent modulation patterns by delivering time-varying doses of the Notch inhibitor DAPT. We replicate previous findings on Notch activation with our methodology by confirming the Notch-regulated gene Hes1 is upregulated for short Notch activation pulses, while Hey1 required sustained activation. We confirm a previously observed regime switch from Hes1 to Hey1 dominance between 2 h and 3 h of activation. Finally, by varying signal pulses while keeping dose constant in six independent experiments performed simultaneously, we further show the upregulation of the Hes1 gene for multiple short pulses, while Hey1 activation depends on duty cycle length. These results highlight microfluidic displays as a valuable tool for systems biology, enabling multiplexed, high temporal resolution stimulation of signaling pathways.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».