Stag2 dependent chromatin remodeling enforces the erythroid-specific Gata1 cistrome
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT: The transcription factor GATA1 has pleiotropic hematopoietic functions, particularly in erythroid and megakaryocytic ontogeny. Although mechanistic investigations have uncovered many facets of GATA1 biology, how GATA1 coregulates divergent cell fates remains incompletely characterized. We previously described that loss of Stag2, a member of the cohesin complex and a recurrent mutational target in myelodysplastic syndrome (MDS) and myeloid leukemia of Down syndrome, results in altered chromatin accessibility, transcription factor function, and cell differentiation. Therefore, we hypothesized that chromatin accessibility determines GATA1 cistrome specificity and lineage fate decisions. To understand the connection between chromatin accessibility and GATA1, we comprehensively studied erythropoiesis in Stag2Δ mice. Defects in Stag2-deficient hematopoiesis included reduced numbers of erythroid progenitors (EryPs), impaired terminal erythroid differentiation, increased number of megakaryocyte progenitors, and increased megakaryocytes. RNA- and assay for transposase-accessible chromatin-sequencing of EryPs revealed altered patterns of Gata1 target gene expression with altered accessibility in conjunction with loss of expression of erythroid targets and gain of megakaryocyte targets. Despite unchanged Gata1 expression, Gata1 occupancy was reprogrammed from erythroid to megakaryocyte targets with Fli1 motifs enriched at Stag2Δ Gata1 binding sites. Functionally, we observed that Stag2-deficient EryPs have a diminished erythroid output and augmented megakaryocyte output in orthogonal differentiation assays, which was partially reversed with Fli1 knockdown. Human models and patients with primary MDS recapitulated the essential phenotypic and molecular features of our in vivo murine MDS model. Collectively, this study establishes chromatin accessibility as a determinant of transcription factor binding specificity, revealing an accessibility-driven Gata1 retargeting mechanism underlying MDS dyserythropoiesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».