Utility of <scp>MALDI</scp>‐<scp>ToF MS</scp> for Recognition and Antifungal Susceptibility of <i>Nannizzia</i>, an Underestimated Group of Dermatophytes
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Geophilic Nannizzia dermatophytes are increasingly implicated in stubborn skin, hair, and nail infections, yet MALDI-TOF MS evaluations and antifungal-susceptibility data have focused almost exclusively on N. gypsea. Biochemical profiles and MICs cut-offs are limited. OBJECTIVES: To benchmark two commercial MALDI-TOF MS libraries and to determine in vitro activity of eight antifungals against a genus-wide panel of Nannizzia species. METHODS: One-hundred-and-three ITS-confirmed isolates representing 12 species were grown on potato-dextrose agar (PDA) for 7-14 days. Spectra were acquired with (i) the MSI-2 Dermatophyte Library after 4-14 days' PDA incubation (100 cultures) and (ii) the Bruker MALDI Biotyper Filamentous-Fungi Library 6.0/2023 after ≤ 3 days' growth in Sabouraud-dextrose broth (SDB) (73 cultures). BCCM/IHEM strains could not be evaluated on the Biotyper because of licence restrictions, leaving 73 non-duplicate isolates for direct MSI-2 vs MBT comparison. EUCAST E.Def 11.0 micro-broth dilution determined MICs for eight agents. RESULTS: MSI-2 achieved its highest accuracy with PDA day-7 cultures (45/73, 62%), whereas the liquid Biotyper protocol yielded 49/73 correct identifications (67%) within four days. Accepting low-confidence scores (≥ 1.7) from either library increased overall accuracy to 73%. MSI-2 remained superior for N. gypsea (73%) and uniquely detected N. nana (50%), which is absent from the current Biotyper release. Conversely, the Biotyper outperformed MSI-2 for N. incurvata, N. fulva, and N. praecox. Six very rare species (N. lorica, N. aenigmatica, N. corniculata, N. duboisii, N. perplicata, N. polymorpha) were not recognised by either database. Terbinafine displayed the lowest geometric mean MIC (0.009 mg/L); fluconazole and griseofulvin showed the highest values, and one US N. fulva isolate exhibited elevated itraconazole/voriconazole MICs (1 mg/L). CONCLUSIONS: Diagnostic coverage of Nannizzia remains incomplete. Expanding commercial MALDI-ToF MS libraries with spectra from rare species and performing routine susceptibility testing are essential to optimise patient management.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».