Abstract B001: Next-generation sequencing in ovarian cancer to identify actionable mutations
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Objective PARP inhibitors have demonstrated significant benefit in ovarian cancers with evidence of homologous recombination deficiency. Next-generation sequencing (NGS) testing in ovarian cancer is not currently reimbursed across Canada and real-world data is lacking. The aim of this study was to identify actionable genomic alterations beyond somatic BRCA1/2 testing using tumor/plasma NGS testing (including genomic instability scoring (GIS)). Method: This is a retrospective single tertiary center (Jewish General Hospital, Montreal, Canada) study. Tissue somatic BRCA1/2 testing was performed through our local Molecular Pathology facility. NGS testing (including GIS) was performed using the Myriad Genetics MyChoice CDx and/or FoundationOne CDx testing. The GIS score for each assay enabled identification of tumors with homologous recombination deficiency (HRD). Results: Since 2019, 170 JGH HGSOC patients have had somatic BRCA1/2 testing with a mutation rate of 24.7%. Of those patients, 89 had NGS testing identifying 23.6% with pathogenic/likely pathogenic BRCA1/2 mutation and 13.5% with non-BRCA pathogenic/likely pathogenic HR mutations. Interestingly, 5/89 (5.6%) patients had non-HR actionable gene mutations. Furthermore, 64 of the 89 cases had HRD status reported showing 10 patients (15.6%) with positive HRD scores without pathogenic/likely pathogenic HR gene mutations. Six cases received inconclusive results and 17 were not reported (total of 23/89 cases: 25.8%). Together, these data reveal missed opportunities for PARP inhibitor therapy in 13.5% (non-BRCA HR mutations) and in 15.6% (HRD without HR gene mutations) representing a total of 29.1% of patients, as well as an additional potential cases from who did not have an HRD result reported (25.8%). Conclusion: Performing NGS testing with HRD scoring beyond BRCA1/2 testing increases the proportion of patients who would benefit from targeted therapy including PARP inhibitors from 24.7% to over 50%. Citation Format: Olivia Mckeeman, Angela Tatar, Shannon Salvador, Walter Gotlieb, Susie Lau, Melica Brodeur. Next-generation sequencing in ovarian cancer to identify actionable mutations [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference in Cancer Research: Advances in Ovarian Cancer Research; 2025 Sep 19-21; Denver, CO. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2025;85(18_Suppl):Abstract nr B001.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».