Chromobox 4 (CBX4) Is a Novel Interactor of SS18::SSX in Synovial Sarcoma
Notice bibliographique
Résumé
Synovial sarcoma is an aggressive cancer generally affecting adolescents and young adults and is characterized by high rates of recurrence and metastasis. It is primarily driven by the fusion oncoprotein SS18::SSX, the product of a pathognomonic chromosomal translocation t(X;18), which facilitates widespread epigenetic dysregulation through interactions with complexes, such as the BRG1/BRM-associated factor complex and polycomb repressive complexes. Previous attempts to perform mass spectrometry (MS) of the SS18::SSX interactome have been limited by the lack of an antibody to detect the endogenous protein, hence relying on single-cell lines with exogenous tags. We previously used a monoclonal antibody, which specifically detects SS18::SSX containing the canonical fusion junction (seen in 95% of cases) and established its utility in several applications. Using that antibody, MS analysis revealed that the SS18::SSX protein undergoes alternative splicing of exon 8 in SS18. We next performed immunoprecipitation MS of SS18::SSX in 6 immortalized human synovial sarcoma cell lines and identified the canonical polycomb repressive complex member chromobox 4 (CBX4), as a novel interactor of the oncoprotein. Immunohistochemical staining of several epigenetic factors on a human synovial sarcoma tissue microarray showed an association of synovial sarcoma samples with higher CBX4 expression. Last, an analysis of CBX4 expression across 337 samples from 12 sarcoma subtypes, carcinomas, and normal tissue demonstrates higher expression in synovial sarcoma samples compared with other tissue types. These results highlight a crucial approach in identifying important partners of SS18::SSX in synovial sarcoma to establish new biological pathways that contribute to the disease.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».