Analysis of novel African swine fever variants circulating in wild boars in South Korea isolated in 2021 by deep sequencing
Notice bibliographique
Résumé
African swine fever (ASF) is major infectious disease of concern currently circulating in swine species, causing high mortality and significant economic damage on the global scale. Since the first incident of ASF outbreak in Korea in 2019, the disease has continued to spread throughout the country despite enhanced biosecurity measures, with wild boars playing a key role. Thus, characterizing the domestic African swine fever virus (ASFV) strains including its genetic variants is crucial for both monitoring and diagnostic purposes. In this study, we sequenced and analyzed the full genome of seven Korean ASFV strains isolated from ASFV positive wild boar samples collected in 2021 from various regions. The sequences were compared with previously isolated ASFV strains to track the origin and the evolutionary trend of the ASFV variants residing in the wild boar population in Korea. A total of thirty single-nucleotide polymorphisms (SNPs) were detected which consists of ten synonymous and eighteen non-synonymous mutations, a single mutation at intergenic region (IGR), and a truncation mutation which led to a premature stop codon. Out of the mutations, thirteen were present in the MGF 505-9R gene. All seven strains contained an additional ten-nucleotides (nt) long tandem repeat sequence (TRS) between the I73R and I179L gene, similar to strains previously studied in Korea. Additionally, a new seventeen-nt long tandem repeat sequence insertion, adjacent to the MGF 505-10R, has been observed at the IGR between the MGF 505-9R and 10R genes. The results of the study provide extra insight for characterizing the ASFV virus in Korea and suggesting new molecular genetic markers for epidemiological monitoring, thus minimizing the risk of new ASF outbreaks in Korea.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».