Proteomic Profiling of Limited-Stage Follicular Lymphoma Reveals Differentially Expressed Proteins Linked to Disease Progression Post-Radiation Therapy
Notice bibliographique
Résumé
Follicular lymphoma (FL) is the most common indolent lymphoma. Despite a generally favorable prognosis and long-term survival for many patients, FL remains incurable, with disease progression occurring in approximately half of limited-stage FL cases. In this study, we employed high-throughput mass spectrometry-based proteomics to explore the differential protein expression in diagnostic lymphoma biopsies from 26 limited-stage FL patients. Of these, 9 patients experienced subsequent disease progression (sp-FL), while 17 did not (np-FL). A total of 1940 proteins were identified, with 78 showing significant differential expression between progressing and non-progressing cases. Unsupervised clustering analyses were able to separate the two patient groups based on these differential protein profiles. Notably, proteins involved in metabolism, immune regulation, and apoptosis were downregulated in sp-FL samples. Among the identified proteins, caspase 4 and 8 (CASP4 and CASP8) were further evaluated. The low expression of CASP4 in the diagnostic lymphoma tissue correlated with shorter progression-free survival (PFS) (p < 0.001), primarily with this difference apparent in the expression profiles in the intrafollicular areas (p = 0.015). Similarly, low CASP8 expression was associated with inferior PFS (p = 0.031). Interestingly, addressing the expression pattern for advanced-stage FL patients, the low protein expression of both CASP4 and CASP8 was also found to be associated with progressing cases, suggesting their potential role in disease pathogenesis independent of the disease stage. With further research, the expression pattern of CASP4 and CASP8 may enable the early prediction of disease progression in FL patients, which may ultimately improve patient stratification and allow for more individualized treatment strategies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».