An atlas of natural killer cell receptor expression on healthy donor T and NK lymphocytes
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Human T cells and natural killer (NK) cells exhibit variegated co-expression of germlineencoded receptors, which diversifies their effector functions. CD8+ T cell expression of receptors more typically associated with NK cells has been noted, but a systematic analysis of their distribution has not been described. Here, we comprehensively measured human NK cells and T cells’ expression of NK cell-associated receptors to define their co-expression and patterns associated with donor sex, maturation, and activation. To assess the activating and inhibitory receptor repertoire of human T cells and NK cells, we developed a 25-colour flow cytometry panel that included channels based on receptor functions. Since NK cell function is known to be driven by interactions with HLA supergroups (KIR ligands), we stratified donors based on KIR-HLA allelic combinations. NK and CD8+ T cell phenotypes and responsiveness were assessed at rest, and in response to the missing self target cell line, K562. We find that NK cells universally express CD45RA, CD161, and the inhibitory receptors TIGIT/TIM3/LAG3. On CD56 dim CD16 high NK cells (those most aligned with missing self reactivity, CD161, CD45RA, natural cytotoxicity receptors (NCRs), and TIGIT/TIM3/LAG3 were most frequently expressed. Not all educated NK cells respond to missing self-targets; those that did exhibited high expression of NCRs, NKG2C, IL-7R/IL-18Ra, and TIGIT/TIM3/LAG3, and lower expression of DNAM-1 and CCR7, in addition to the KIR molecules that defined their status as educated. We note that up to 50% of NK cells express CD8, and this population co-expressed CD16, NCRs, and KIR, and exhibited greater cytotoxicity than the CD8-NK cell population. Among CD8 + T cells, acquisition of NK cell-associated receptors was increased as they progressed through differentiation states: effector memory and terminally-differentiated CD8 + T cells exhibiting higher expression of NKG2A, KIR, and CD16. Taken together, the variability of receptor expression patterns highlights the diversity of lymphocyte populations and suggests shared features among the cytotoxic lymphocytes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».