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Enregistrement W4414444300 · doi:10.1016/j.csbj.2025.09.030

From single cells to communities: Mathematical perspectives on bacterial quorum sensing

2025· review· en· W4414444300 sur OpenAlexafffund
Sara Sadr, Bahram Zargar, Marc G. Aucoin, Brian Ingalls

Notice bibliographique

RevueComputational and Structural Biotechnology Journal · 2025
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBacterial biofilms and quorum sensing
Établissements canadiensAmerican Water (Canada)University of Waterloo
Organismes subventionnairesMitacs
Mots-clésQuorum sensingAutoinducerMechanism (biology)Molecular communicationPopulationVariety (cybernetics)

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The complex social lives of microbes, defined by sophisticated communication networks and cooperative behaviors, play a pivotal role in their survival and adaptation. Central to these interactions is Quorum Sensing (QS), a mechanism widely used by bacterial species for population-scale communication and subsequent gene regulation. QS involves coordinated synthesis, release, and detection of signaling molecules known as autoinducers (AIs). By sensing the concentration of AI as a proxy for the local density of the bacterial population, QS orchestrates the modulation of target gene expression. The molecular foundations of QS have been revealed, but fundamental quantitative challenges remain in the pursuit of a complete understanding of QS dynamics. Mathematical modeling has become an essential tool for investigating QS dynamics at both single-cell and population levels. A variety of modeling approaches, including deterministic, stochastic, non-spatial, and spatial frameworks have been employed to explore the complexities of QS systems. We provide an overview of mathematical models developed to describe and analyze QS mechanisms and dynamics, highlighting their contributions and limitations. Looking ahead, QS modeling is poised to support synthetic biology, antimicrobial therapy, environmental management, and more, offering new strategies to manipulate bacterial behavior for improving biotechnological applications, combating infections, and optimizing industrial processes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Autre devis · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,972
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,277
Écart entre enseignants0,260 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeAutre devis
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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