Specific Binding Modes of the SIRT6 C-Terminal Domain to the Nucleosome Core Particle Influence DNA Unwrapping and H3K27 Accessibility
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Sirtuins are a class of NAD-dependent histone deacetylases that regulate important biological pathways in prokaryotes and eukaryotes. This enzyme family comprises seven members, named SIRT1 to SIRT7. Among them, Sirtuin 6 (SIRT6) is a human sirtuin that deacetylates histones and plays a key role in DNA repair, telomere maintenance, carbohydrate and lipid metabolism, and lifespan. SIRT6’s structure consists of a zinc finger domain, a Rossmann fold domain containing the NAD+ binding site, and disordered N-terminal and C-terminal (CTD) extensions. The specific role of the CTD in SIRT6’s interaction with nucleosomes for histone deacetylation remains unclear. Here, we resort to extended molecular dynamics simulations to uncover the dynamical behavior of the full-length SIRT6 bound to a nucleosome core particle. Our simulations reveal that the CTD preferentially interacts with DNA at the entry/exit near the enzyme’s docking site, exhibiting a variety of different binding modes. In specific cases, the CTD contributes to the promotion of DNA unwrapping and enhances H3K27 accessibility to SIRT6’s active site, suggesting a pivotal role of this domain for H3K27 deacetylation. This work provides new structural insights into the binding process of the full-length SIRT6 to a nucleosome core particle, shedding light on the conformational behavior and functional role of its CTD. It constitutes an important step toward understanding of SIRT6 deacetylation mechanisms and specificity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».