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Enregistrement W4414478250 · doi:10.1038/s41523-026-00955-8

Multimodal analysis of a rare BARD1 missense variant suggests its pathogenicity is conditional

2025· preprint· en· W4414478250 sur OpenAlexafffund
Fiona Chan‐Pak‐Choon, Yuandi Gao, José Camacho Valenzuela, Júlia-Jié Cabré-Romans, Lili Fu, Paz Polak, Bárbara Rivera, Raquel Cuella-Martin, William D. Foulkes

Notice bibliographique

Revuenpj Breast Cancer · 2025
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer Genomics and Diagnostics
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesFaculty of Medicine and Health, University of SydneyInstituto de Salud Carlos IIICanadian Institutes of Health ResearchMerck CanadaMcGill University Health CentreMcGill University
Mots-clésMissense mutationGermlineLoss of heterozygosityProbandBreast cancerGermline mutationHeteroduplexTamoxifen

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Hereditary breast cancer involves multiple risk genes, including BARD1, which confers low to moderate risk and is associated with triple-negative breast cancer (TNBC). We report a proband with a primary ER+/PR+/HER2- breast cancer, which recurred unilaterally as a TNBC and who later developed endometrial cancer. Clinical germline testing revealed a rare BARD1 missense variant of uncertain significance [c.2258G>T; p.(Gly753Val)]. Whole-exome sequencing of tumors and blood revealed BARD1 loss of heterozygosity and mutational signature 3 - indicative of homologous recombination (HR) repair deficiency - exclusively in the TNBC recurrence. Functional assays demonstrated impaired HR repair via increased PARP inhibitor sensitivity and reduced RAD51 foci formation. We hypothesize that the selective pressure exerted by tamoxifen resulted in breast cancer subtype switching and uncovered the pathogenic potential of the BARD1 p.(Gly753Val) variant. This case illustrates a previously unreported scenario where the pathogenicity of a germline BARD1 variant appears conditional on prior treatment.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,010

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,274
Écart entre enseignants0,265 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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