Transcriptomic analysis of melanin production in <i>Exophiala dermatitidis</i> conditional albino mutants on two different carbon sources
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Exophiala dermatitidis is a polymorphic black yeast found in various habitats and man-made environments such as soil, sinks and saunas. Melanin plays a key role in E. dermatitidis virulence and environmental adaptation. The E. dermatitidis genome sequence has revealed the presence of genes responsible for production of melanin via three different pathways (1,8-DHN melanin, DOPA melanin, and pyomelanin) but besides DHN melanin not much is known about the activation of the other pathways. Our previous work identified three conditional albino mutants ( alb1 , alb2 and alb3 ) that can recover melanin production despite mutation in PKS1 . In this study RNA Transcriptomics was used as a tool to investigate gene expression differences between the three conditional albinos, two obligate albinos ( alb10 and alb12 ) and wildtype to account for variation in melanization using two treatments (dextrose and galactose) as carbon sources. Differential gene expression analysis revealed a higher number of significantly upregulated genes in the conditional albinos on galactose (YPG) compared to the obligate albinos. Overrepresentation analysis revealed a higher number of significantly enriched GO terms in the conditional albinos compared to the wildtype and the obligate albinos. Multiple genes involved in 1,8-DHN melanin and pyomelanin were also found to be upregulated on YPG in the conditional albinos. Besides genes involved in melanization, genes involved in various aspects of cell wall regulation were also upregulated on YPG. To this date this is the first study that has demonstrated the activation of genes involved in multiple different melanin pathways in E. dermatitidis grown on different carbon sources.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».