Chromatin landscape and enhancer-gene interaction differences between three cardiac cell types
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Genome-wide association studies (GWAS) have identified numerous single nucleotide polymorphisms (SNP) associated with a specific traits and diseases, however, uncovering the true disease-relevant SNPs remains challenging. One limitation for prioritizing true disease-relevant SNPs from GWAS is that most of the identified SNPs are non-coding, making it difficult to unravel their mechanism of action. Nevertheless, mapping non-coding SNPs to enhancers is a validated approach to link SNPs to their target genes through the analysis of enhancer-gene interactions (EGI) and thus provide insight into their mechanism of action. While previous studies linking cardiac disease-relevant SNPs to enhancers and their target genes have focused on the principal cardiac cell type, cardiomyocytes (CMs), the analysis of other non-CM cell types has been largely ignored and has only gained attention recently. We hypothesize that characterizing cell-type-specific enhancer-gene interactions (EGIs) for these non-CMs, namely cardiac fibroblasts (CFs), endothelial cells (ECs), and smooth muscle cells (SMCs), followed by mapping cardiac-disease-associated non-coding SNPs to those enhancers will identify novel disease-relevant genes and provide insights for future mechanistic research. To identify the landscape of cell-type-specific EGIs in these cardiac cells, we have employed the activity-by-Contact (ABC) model. It integrates assay for transposase-accessible chromatin sequencing (ATAC-seq), H3K27ac chromatin immunoprecipitation with sequencing (ChIP-seq), and high-throughput chromosome conformation capture with H3K27ac immunoprecipitation (H3K27ac HiChIP) data to identify EGIs. We have identified the landscape of cell-type-specific EGIs in these cardiac cells. Furthermore, a higher similarity of the chromatin accessibility profile (ATAC-seq) between CF and SMC, compared to CF and EC, and SMC and EC was observed. Finally, overlapping identified EGIs with cardiac-disease-associated non-coding variants has allowed the identification of a QT-interval-associated SNP that is mapped to the enhancer region of an EC-specific EGI.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».