Validation of Using Multiplex PCR with Sex Markers SSM4 and ALLWSex2 in Long-Term Stored Blood Samples to Determine Sex of the North American Shortnose Sturgeon (Acipenser brevirostrum)
Notice bibliographique
Résumé
Sex-specific information is crucial for sturgeon culture, conservation, and fisheries management. However, identifying their sex is difficult outside the spawning season. Two recently identified female-specific loci (AllWSex2 and SSM4) are conserved across many Acipenserid species, but they have not been validated for all species within this family. This study aimed to (1) determine whether SSM4 can be used to sex shortnose sturgeon, (2) develop and test a multiplex PCR technique using both ALLWSex2 and SSM4 for sexing shortnose sturgeon, (3) determine if long-term stored blood samples can be used to sex shortnose sturgeon, and (4) test the effect of storage temperature on DNA degradation. DNA was extracted from frozen RBC samples from 36 previously sexed fish. A multiplex PCR was set up using three pairs of primers: AllWSex2 and SSM4, as female-specific loci, and mtDNA, as an internal control. AllWSex2 and SSM4 allowed for perfect discrimination of sex. While long-term storage and storage temperature did cause DNA degradation, the signal was still strong enough after 8 years of cold storage for reliable sex determination. This suggests that researchers now have the ability to re-examine archived/frozen samples to determine the sex of their sturgeon.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».