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Enregistrement W4414530983 · doi:10.1186/s12864-025-12014-w

Age-related reproductive performance and transcriptome profiling of testis in male blue catfish, Ictalurus furcatus

2025· article· en· W4414530983 sur OpenAlexaff
Samitha S N Liyanage, Brian G. Bosworth, Katherine Martin, Kyle R. Wood, Alexandra E. Nowicki, Jason Abernathy, Nithin Muliya Sankappa, Benjamin H. Beck, Timothy J. Bruce, Matthew K. Litvak, Rex A. Dunham, Luke A. Roy, Xu Wang, Ian A.E. Butts

Notice bibliographique

RevueBMC Genomics · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueReproductive biology and impacts on aquatic species
Établissements canadiensMount Allison University
Organismes subventionnairesAgricultural Research ServiceNational Institute of Food and AgricultureU.S. Department of Agriculture
Mots-clésIctalurusCatfishTranscriptomeSpermReproductionReproductive biologySemenSexual maturity

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Catfish farming is the largest aquaculture industry in the U.S., where hybrid catfish produced by channel catfish, Ictalurus punctatus ♀ × blue catfish, I. furcatus ♂, represent > 50% of the harvest. Previous studies indicated a high degree of variation in reproductive performance among individuals. Therefore, it is crucial to establish a connection between paternal age and reproductive success. This study investigated the reproduction of 103 blue catfish males aged 2 to 10 years. Morphometric data were collected, and blood was drawn to quantify testosterone (T), 11-ketotestosterone (11-KT), osmolality, and ions. Histological images of the testis assessed stages of spermatogenesis, and sperm were activated for kinematic analysis. The testis transcriptome was profiled across distinct ages, 2, 4, 7, and 9. For fish aged 2 to 10 years, those over 7 years had the largest size, with a rapid increase until age 7 and a slight increase afterwards. Absolute sperm production was affected by age, with the highest levels observed at age 6, followed by a decreasing trend. T and 11-KT did not increase after age 6, while sperm kinematics were not impacted by age. Transcriptomics identified 5220 differentially expressed genes (DEGs) in all comparisons. The most DEGs were identified at age 7 with 2261 down-regulated and 1824 up-regulated genes. Functional enrichment revealed significant changes in axoneme, motile cilium, and sperm flagellum at age 7. In contrast, immune processes were increased in the testis at age 9 with viral and bacterial defense responses. Results suggest that farmers should maintain consistent supplies of age 6 and 7 males to increase hatchery efficiency.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,243
Écart entre enseignants0,229 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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