GExplore 1.5: a comprehensive <i>Caenorhabditis elegans</i> database for the analysis of gene function with a new user-friendly web interface
Notice bibliographique
Résumé
GExplore is an online tool to assist with large-scale data mining of selected datasets related to gene and protein function in Caenorhabditis elegans. Here, we describe the current version GExplore 1.5, which contains new datasets and display options as well as a completely redesigned web interface. GExplore now consists of six databases. The gene database contains protein domain information, general expression, and phenotype data as well as interacting genes, gene ontology annotations, and disease associations. The mutation database contains a curated list of more than 200 000 mutations affecting the protein sequences of all protein-coding genes. The protein database contains proteome data from 19 different nematode species, four genetic model organisms and the human proteome for comparison. Three genome-scale RNAseq expression databases contain expression profiles of different developmental stages from embryo to adult, tissues-specific expression profiles at the L2 stage, and expression profiles of the major tissues in the developing embryo at five different time points from gastrulation to the beginning of terminal differentiation. The web-based user interface has been completely redeveloped for the current version. The search interfaces allow users to explore content of the individual databases in detail. The interactive display pages enable the user to fine-tune the results, display additional data, and download the results. GExplore is a tool to quickly obtain an overview of biological and biochemical functions of large groups of genes or identify genes with a certain combination of features for further experimental analysis. Database URL: https://genome.science.sfu.ca/gexplore.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,004 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,073 | 0,066 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».