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Enregistrement W4414533615 · doi:10.1093/jnci/djaf278

<i>SMARCAL1</i> is a new osteosarcoma predisposition gene

2025· article· en· W4414533615 sur OpenAlexaff
Maryam Rafati, Lillian M. Guenther, Laura E. Egolf, D. Matthew Gianferante, Jung Kim, Bin Zhu, Logan G. Spector, Nathan Anderson, Katherine A. Janeway, Donald A. Barkauskas, Douglas S. Hawkins, Ana Patiño‐García, Philip J. Lupo, Michael E. Scheurer, Lindsay M. Morton, Gregory T. Armstrong, Yadav Sapkota, M. Monica Gramatges, Massimo Serra, Claudia Maria Hattinger, Katia Scotlandi, Irene L. Andrulis, Jay S. Wunder, Mandy L. Ballinger, Meredith Yeager, Michael Dean, Douglas R. Stewart, Aurélie Vogt, Belynda Hicks, Wen‐Yi Huang, Adriana Lori, W Ryan Diver, Sharon A. Savage, Stephen J. Chanock

Notice bibliographique

RevueJNCI Journal of the National Cancer Institute · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePeptidase Inhibition and Analysis
Établissements canadiensSinai Health SystemLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteChildren’s Oncology GroupAmerican Lebanese Syrian Associated CharitiesCancer Prevention and Research Institute of Texas
Mots-clésOsteosarcomaGenetic predispositionGeneEtiologyCancerPopulationBone cancer

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Osteosarcoma, the most common childhood bone tumor, can occur in rare cancer predisposition syndromes; however, most are sporadic with no known predisposing factors. We investigated the frequency of SMARCAL1 putative pathogenic variants in our large ongoing study of 2119 osteosarcoma patients, their relation to patient characteristics, and the population prevalence. Our analysis uncovered a higher frequency of SMARCAL1 pathogenic variants across 3 osteosarcoma patient sets (1.8%, n = 2119) than in 2625 comparably sequenced cancer-free individuals (0.3%; P < .001). Patients with SMARCAL1 pathogenic variants had statistically significantly improved overall survival compared with patients without these variants (hazard ratio [HR] = 0.36, 95% confidence interval [CI] = 0.14 to 0.96; P = .034). In the UK Biobank (469 557 exomes), there was a 33-fold increased risk of osteosarcoma in individuals with SMARCAL1 pathogenic variants. These results identify SMARCAL1 as a new osteosarcoma predisposition gene and thus warrant follow-up to identify the mechanisms by which SMARCAL1 contributes to the etiology of osteosarcoma.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,259
Score d'incertitude au seuil0,275

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,032
Tête enseignante GPT0,351
Écart entre enseignants0,319 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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