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Enregistrement W4414533842 · doi:10.1038/s41597-025-05759-2

A global database of soil microbial phospholipid fatty acids and enzyme activities

2025· article· en· W4414533842 sur OpenAlexfundno aff
Laura G. van Galen, Gabriel Reuben Smith, Andrew J. Margenot, Mark P. Waldrop, Thomas W. Crowther, Kabir Peay, Robert B. Jackson, Kailiang Yu, Anna Abrahão, Talaat Ahmed, Juha M. Alatalo, Sten Anslan, Mark Anthony, Ademir Sérgio Ferreira de Araújo, Judith Ascher‐Jenull, Elizabeth M. Bach, Mohammad Bahram, Christopher C. M. Baker, Petr Baldrián, Richard D. Bardgett, M. Noelia Barrios‐García, Felipe Bastida, Francesca Beggi, Liane G. Benning, Luca Bragazza, Arthur A. D. Broadbent, Concha Cano‐Díaz, Anna M. Cates, Carlos Eduardo Pellegrino Cerri, Simone Cesarz, Baodong Chen, Aimée T. Classen, Mathilde Borg Dahl, Nico Eisenhauer, Светлана Евграфова, Nicolas Fanin, Flavio Fornasier, Romeu Francisco, André L. C. Franco, Serita D. Frey, Hannu Fritze, Carlos Garcı́a, Pablo García‐Palacios, María Gómez‐Brandón, Marina González-Polo, Beatriz Gozalo, Robert I. Griffiths, Carlos A. Guerra, Moritz Hallama, Inga Hiiesalu, Mohammad Zabed Hossain, Jun Hu, Heribert Insam, Vincent E. J. Jassey, Lili Jiang, Ellen Kandeler, Petr Kohout, Urmas Kõljalg, Valentyna Krashevska, Xiaofei Li, Jing‐Zhong Lu, X. L. Lu, Shan Luo, Stefanie Lutz, K.A. Mackie, Fernando T. Maestre, Minna Malmivaara-Lämsä, Kai Mangelsdorf, M. Manjarrez, Sven Marhan, Ashley Martin, Kelly E. Mason, Jordan R. Mayor, Rebecca L. McCulley, Mari Moora, Paula V. Morais, Miriam Muñoz‐Rojas, Rajasekaran Murugan, Andrew T. Nottingham, Victoria Ochoa, Raúl Ochoa‐Hueso, Jane Oja, Pål Axel Olsson, Maarja Öpik, Nick Ostle, Krista Peltoniemi, Taina Pennanen, David S. Pescador, G. Kenny Png, Christian Poll, Sergei Põlme, Anton Potapov, Anders Priemé, William J. Pritchard, Jérémy Puissant, Sandra Mara Barbosa Rocha, Christoph Rosinger, Liliane Rueß, Emma J. Sayer, Stefan Scheu, Robert L. Sinsabaugh, Lindsey C. Slaughter, Nadejda A. Soudzilovskaia, José Paulo Sousa, Lee F. Stanish, Shu-ichi Sugiyama, Leho Tedersoo, Pankaj Trivedi, Tanel Vahter, Jana Voříšková, Dirk Wagner, Cong Wang, David A. Wardle, Jeanette Whitaker, Yuanhe Yang, Zhiwei Zhong, Kai Zhu, Lori A. Ziolkowski, Martin Zobel, Johan van den Hoogen

Notice bibliographique

RevueScientific Data · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueSoil Carbon and Nitrogen Dynamics
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesEstonian Research Competency CouncilFundação para a Ciência e a TecnologiaNatural Environment Research CouncilDeutsches Zentrum für integrative Biodiversitätsforschung Halle-Jena-LeipzigJapan Society for the Promotion of ScienceConselho Nacional de Desenvolvimento Científico e TecnológicoMinistério da Ciência, Tecnologia e InovaçãoGeneralitat ValencianaChina Postdoctoral Science FoundationAustrian Science FundEidgenössische Technische Hochschule ZürichAcademy of FinlandEesti TeadusagentuurSvenska Forskningsrådet FormasUniversität KasselMinisterstvo Školství, Mládeže a TělovýchovyVetenskapsrådetU.S. Department of EnergyNational Natural Science Foundation of ChinaAgencia Estatal de InvestigaciónSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungNational Institute of Food and AgricultureMinisterio de Ciencia, Tecnología e Innovación ProductivaSight Research UKDeutsche ForschungsgemeinschaftEuropean CommissionDivision of Environmental BiologyResearch Councils UKCanadian Institute for Advanced ResearchNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekAgence Nationale de la RechercheIllinois Nutrient Research and Education CouncilKing Abdullah University of Science and TechnologyStyrelsen för Internationellt UtvecklingssamarbeteFaculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade Nova de LisboaQatar PetroleumU.S. Department of AgricultureNational Science Foundation
Mots-clésMetadataEcosystemBiomass (ecology)GeoreferenceEnzymeMicrobial ecologySoil test

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Soil microbes drive ecosystem function and play a critical role in how ecosystems respond to global change. Research surrounding soil microbial communities has rapidly increased in recent decades, and substantial data relating to phospholipid fatty acids (PLFAs) and potential enzyme activity have been collected and analysed. However, studies have mostly been restricted to local and regional scales, and their accuracy and usefulness are limited by the extent of accessible data. Here we aim to improve data availability by collating a global database of soil PLFA and potential enzyme activity measurements from 12,258 georeferenced samples located across all continents, 5.1% of which have not previously been published. The database contains data relating to 113 PLFAs and 26 enzyme activities, and includes metadata such as sampling date, sample depth, and soil pH, total carbon, and total nitrogen. This database will help researchers in conducting both global- and local-scale studies to better understand soil microbial biomass and function.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,491
Score d'incertitude au seuil0,344

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,023
Tête enseignante GPT0,250
Écart entre enseignants0,227 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations8
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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