Thermodynamic control of gene regulation
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract G-quadruplexes and i -motifs are non-canonical secondary structures of DNA that act as conformational switches in controlling genomic events. Within the genome, G- and C-rich sequences with the potential to fold into G-quadruplexes and i -motifs are overrepresented in important regulatory domains, including, but not limited to, the promoter regions of oncogenes. We previously have shown that some promoter sequences can adopt coexisting duplex, G-quadruplex, i -motif, and coiled conformations; moreover, their distribution can be modelled as a dynamic equilibrium in which the fractional population of each conformation is determined by the sequence and local conditions. On that basis, we proposed a hypothesis in which the level of expression of a gene with G- and C-rich sequences in the promoter is regulated thermodynamically by fine-tuning the duplex-to-G-quadruplex ratio, with the G-quadruplex modulating RNA polymerase activity. Any deviation from the evolutionarily tuned, gene-specific distribution of conformers, such as might result from mutations in the promoter or a change in cellular conditions, may lead to under- or overexpression of the gene and pathological consequences. We now expand on this hypothesis in the context of supporting evidence from molecular and cellular studies and from biophysico-chemical investigations of oligomeric DNA. Thermodynamic control of transcription implies that G-quadruplex and i -motif structures in the genome form as thermodynamically stable conformers in competition with the duplex conformation. That is in addition to their recognized formation as kinetically trapped, metastable states within domains of single-stranded DNA, such as a transcription bubble or R-loop, that are opened in a prior cellular event.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle