Evolutionary constraints on positional sequence, collective properties and sequence style of tropoelastin dictated by fundamental requirements for formation and function of the extracellular elastic matrix
Notice bibliographique
Résumé
• a comprehensive, well-curated database of amniote tropoelastin sequences was created. • conservation of both linear sequence and collective properties of tropoelastins was demonstrated. • characteristics fundamental for tropoelastin assembly and function were identified. • regions of weak sequence conservation retained a sequence style based on hPGhGG repeats. • data suggest a rich source of evolutionarily permitted modulations of elastic matrix properties. Elastin is the extracellular matrix protein responsible for properties of extension and energy-efficient elastic recoil in large blood vessels, lung parenchyma and other vertebrate tissues. Monomeric tropoelastin assembles by phase separation into an extended polymeric matrix covalently cross-linked through lysine residues, producing a robust biomaterial able to withstand hundreds of millions of cycles of extension and recoil. Elastin functions as an entropic elastomer, whose properties are the direct result of the inability of the protein to fold into a fixed, stable structure. Most investigations of how the unusual properties of polymeric elastin arise from the sequence of tropoelastin have utilized molecular biological/biophysical methodologies. This study takes an alternative approach, using a comprehensive, well-curated database of Amniote tropoelastin sequences to identify characteristics conserved through >300 million years of evolution. Conserved characteristics included preservation of not only regions of positional sequence but also collective or compositional characteristics derived from but not strictly dependent on positional sequence. A plausible overall consensus sequence for Amniote tropoelastins allowed quantification of residue-by-residue, domain-by-domain and region-by-region levels of sequence conservation. Regions of low positional sequence conservation nevertheless maintained a recognizable sequence style characterized by tandem repeats and partial repeats of short, non-polar motifs. Motif analysis suggested hPGhGG, with numerous insertions and deletions, as the underlying repeating unit in all Amniote tropoelastins. The data identify significant evolutionary constraints dictated by fundamental requirements for formation and functionality of the extracellular elastin matrix, and suggest a rich source of evolutionarily permitted opportunities for modulating properties to meet specific species requirements.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».