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Enregistrement W4414592272 · doi:10.1083/jcb.202501239

LLP1 is a pyrophosphatase involved in homeostasis/quality control of dolichol-linked oligosaccharide

2025· article· en· W4414592272 sur OpenAlexaff
Sheng-Tao Li, Katsuhiko Kamada, Akinobu Honda, Junichi Seino, Tsugiyo Matsuda, Takehiro Suzuki, Naoshi Dohmae, Yuichi Shichino, Shintaro Iwasaki, Yoichi Noda, Michael Costanzo, Charles Boone, Tadashi Suzuki

Notice bibliographique

RevueThe Journal of Cell Biology · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGlycosylation and Glycoproteins Research
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesRIKENJapan Society for the Promotion of ScienceMinistry of Education, Culture, Sports, Science and TechnologyCore Research for Evolutional Science and TechnologyJapan Agency for Medical Research and Development
Mots-clésSaccharomyces cerevisiaeEnzymePyrophosphataseGenePhosphorylationAsparagineOligosaccharidePyrophosphatases

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Dolichol-linked oligosaccharide (DLO) is the precursor for asparagine (N)-linked protein glycosylation. DLO synthesis can be impaired by genetic and environmental factors, leading to the accumulation of various immature DLO intermediates that are subsequently cleaved into phosphorylated oligosaccharides (POSs). Despite the fact that its activity has been known since the 1970s, the identity of the enzyme has not been clarified. Here, we identified a Saccharomyces cerevisiae gene encoding a DLO-pyrophosphatase (Llp1), which converts DLO to POSs. Intriguingly, LLP1 mRNA was translated through a programmed +1 translational frameshifting. LLP1 orthologs encode members of VanZ family proteins, which are found in various bacteria and fungi. Llp1 and its substrate DLO are likely to be localized in the Golgi, and when LLP1 was knocked out, abnormal DLO modified by Golgi mannosyltransferases accumulated, which is consistent with a role in DLO homeostasis/quality control. This study provides insights into how the cellular levels and quality of DLOs are maintained in eukaryotes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,319
Écart entre enseignants0,302 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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