Metagenomic Analysis of Blood Virome in Ischemic Stroke Reveals an Increase in Herpesvirus Transcripts and Host Immune Activation
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Viral infections may influence stroke pathophysiology. Several infections have been linked to increased risk of stroke, however our understanding of these viral interactions with immune and host tissue is limited. We performed a transcriptomic analysis of the blood virome following ischemic stroke to study these interactions. METHODS: Viruses were measured by RNA sequencing of blood from 37 patients with ischemic stroke and 32 matched controls. RNA reads are aligned against a human reference genome, as well as a comprehensive database of human virus genomes. Host gene expression following stroke is examined in relation to the presence of viral transcripts. RESULTS: Viral RNAs were detected in the blood samples of both ischemic stroke and control groups. Viral reads with a prevalence > 3% and raw counts > 2 were from a total of 6 viral families. This included several human herpesviruses (HHVs), adenoviruses, and papillomaviruses, as well as human pegivirus, respiratory syncytial virus, and human endogenous retrovirus K (HERV-K). Combined, counts from HHVs were higher in stroke compared to control by a fold change of 2.13. Coinfection with multiple HHVs was more common in stroke, with a 1.23 fold increase in the number of detected herpesviruses. Reads from two viral genes were increased in stroke, UL95 from cytomegalovirus (CMV), and EBNA2 from Epstein-Barr virus (EBV). Genes associated with stroke, including APOE, C3, PDGF, and CXCL2 were differentially expressed in stroke samples which contained high counts of one or both of UL95 and EBNA2. CONCLUSION: Viral RNAs from multiple families can be detected within the human blood virome. HHV transcripts were the most abundant of viral RNAs detected. Among stroke patients, HHV transcripts were more prevalent, with higher counts, and indicated a higher rate of coinfection with multiple HHV species. Expression of the EBV gene EBNA2 and the CMV gene UL95 may relate to changes in immune gene expression following stroke. Further evaluation is needed to determine the effects that the human virome have on stroke risk, immune response to stroke, and long-term outcome.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».