Effect of an antibiotic and a probiotic on phage communities in the swine gut microbiota
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: The impact of dietary treatments on the phage community of porcine intestinal microbiota is not well understood. An antibiotic (tylvalosin), a probiotic (Pediococcus acidilactici), and a combination of these were given to six cannulated pigs in a double crossover design study. Samples of ileal digesta and feces were collected and whole genome shotgun sequencing was performed. The variations in phage and bacterial communities were compared for each treatment and sample type. RESULTS: The bacteriophages present in the gut microbiome exhibited greater variations in both α- and β-diversity between sample types (digesta, feces) than between treatments. β-diversity and differential abundance showed that the effect of the combined antibiotic and probiotic treatment was the same as with the antibiotic alone. However, the effects of the probiotic and antibiotic treatments were statistically significantly different in the fecal samples. β-diversity was different in those two treatments, and differential abundance analysis identified multiple phages as markers for each treatment. No significant variations in relative abundance were found in phage lifestyle (i.e., virulent, temperate) between treatments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».