Evaluating the effects of synthetic POM cycles and NAD+ kinase expression on fatty alcohol production in Saccharomyces cerevisiae
Notice bibliographique
Résumé
Efficient regeneration of NADPH can be a limiting factor for anabolic processes in engineered microbial cells. We tested the ability of four distinct Pyruvate-Oxaloacetate-Malate "POM" cycles composed of Saccharomyces cerevisiae pyruvate carboxylase (PYC1 or PYC2), malate dehydrogenase ('MDH1 or 'MDH2), and malic enzyme (sMAE1) to improve NADPH regeneration. Only the PYC1, 'MDH2, sMAE1 combination increased the titer of fatty alcohols produced by engineered S. cerevisiae indicating that not all combinations of POM cycle enzymes could drive this pathway. Metabolomic analysis revealed that introduction of the POM cycle altered the concentration of intermediates in amino acid biosynthetic pathways and the trichloroacetic acid cycle suggesting that the POM cycle had wider effects than previously anticipated. Overexpression of the endogenous NAD+ kinases UTR1, YEF1, and a cytosolic version of POS5 were also tested. Only expression of POS5c resulted a significant increase in fatty alcohol titer. In these minimally engineered strains, combined overexpression of the PYC1, 'MDH2, sMAE1 POM cycle and POS5c did not further increase titers. These findings indicate that more extensive metabolomic and proteomic investigations are required to identify combinations of enzymes that will yield an optimal increase in NADPH to meet anabolic demands without imposing excessive metabolic burden or disrupting pathways that might compromise bioproduct synthesis.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».