From chaos to tranquillity: a modern approach to the identification, nomenclature and phylogeny of <i>Aspergillus Penicillium</i> and other <i>Eurotiales</i> updated accepted species list
Notice bibliographique
Résumé
Eurotiales is a diverse and speciose order and includes economically important genera like Aspergillus , Penicillium , Paecilomyces and Talaromyces . However, despite current advancements, a proportion of newly described species within these taxonomically challenging genera represent, in fact, existing species, which raises obvious concerns. This study thus aimed to further modernise the taxonomy of Eurotiales by addressing key challenges in species but continue to support the inclusion of morphological descriptions and, where possible, associated secondary metabolite, exoenzyme, physiology and ecological data when introducing new species. Based on our phylogenetic analyses, we accept 130 of 171 species described since 2023 but reduce 41 to 26 genera, with Aspergillus (n = 465), Penicillium (n = 598) and Talaromyces and species descriptions under a phylogenetic species concept, we release a curated DNA reference sequence database containing 18837 DNA sequences (3867 ITS, 5277 BenA , 5110 CaM and 4583 RPB2 ) generated from 5325 strains. Sequences were selected to best cover the infraspecies variation under our current understanding of each species. The species list and sequence database will be kept up to date as new information becomes available and will remain available at https://doi. org/10.5281/zenodo.16605949. This manuscript presents a major leap towards our goal to facilitate work with Eurotiales , while providing the taxonomic framework to support research excellence related to this important fungal group.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,004 |
| Communication savante | 0,004 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».