Multi-omics data integration for topology-based pathway activation assessment and personalized drug ranking
Notice bibliographique
Résumé
Although multi-omics analysis is popular for revealing diverse physiological effects and biomarkers in many branches of state-of-the-art molecular and cell biology and bioinformatics, there is still no consensus on a gold standard protocol for the integration of various multi-omics profiles into a uniformly shaped system bioinformatics platform. In the current study, we performed the integration of data on DNA methylation, and the expression of coding RNA (mRNA), micro-RNA (miRNA), and long non-coding RNA into a joint platform for calculation of signaling pathway impact analysis (SPIA) and drug efficiency index (DEI). We found that the mirrored and balanced DEI values fitted the DNA methylome data better than the original DEI. Additionally, the protein-coding mRNA-based values correlated more strongly with antisense lncRNA-based values than with miRNA-based values. The whole correlation between the mRNA-based and antisense lncRNA-based values was generally positive. This platform allowed integrative analysis of several levels of gene expression regulation of protein-coding genes and their regulators, including methylation and noncoding RNAs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».