Annotation and functional prediction of RNA helicases in Ustilago maydis
Notice bibliographique
Résumé
RNA helicases are conserved enzymes found in both prokaryotes and eukaryotes. They function in all aspects of RNA metabolism and are known to influence various cellular and metabolic processes. In addition, they have been implicated in certain cancers and diseases. Studies on RNA helicases in fungi indicate their conserved roles in RNA metabolism and suggest that their dysregulation can affect fungal growth. However, the roles of RNA helicases in fungal plant pathogenesis remain underexplored, despite increasing knowledge of how RNA helicases modulate gene expression and disease progression. We used the basidiomycete plant pathogen Ustilago maydis as a model to identify 46 RNA helicases. We review the roles of RNA helicases in RNA metabolism, cellular growth and homeostasis, and metabolism. We then utilized available U. maydis transcriptome data and current research to hypothesize potential functions of RNA helicases in fungal plant pathology. These roles include influencing cell growth, modulating stress response, contributing to virulence and disease progression, and regulating fungal spore dormancy and germination. Understanding the roles of RNA helicases in gene regulation may aid in developing strategies to mitigate disease spread in fungal plant pathogens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».