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Enregistrement W4414766384 · doi:10.1101/2025.10.01.679701

Distinct genomic architectures but the same gene underlie the convergent evolution of a plant supergene

2025· preprint· en· W4414766384 sur OpenAlexafffund
Giacomo Potente, Narjes Yousefi, Rimjhim Roy Choudhury, Stefan Grob, Irina A. Gavrilina, Barbara Keller, Emiliano Mora‐Carrera, Péter Szövényi, Rebecca L. Stubbs, Hanna Weiss‐Schneeweiss, Eva M. Temsch, Gerald M. Schneeweiss, Matthias H. Hoffmann, Giulio Formenti, Ann M. Mc Cartney, Alice Mouton, Henrique G. Leitão, Genevieve Diedericks, Hannes Svardal, Maria Angela Diroma, Chiara Natali, Claúdio Ciofi, Étienne Léveillé‐Bourret, Elena Conti

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2025
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePlant Reproductive Biology
Établissements canadiensUniversité de MontréalGDG Environnement
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaUniversität ZürichEidgenössische Technische Hochschule ZürichUniversità degli Studi di FirenzeDipartimenti di EccellenzaFunctional Genomics Center ZurichSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungNational Science Foundation
Mots-clésSupergene (geology)Convergent evolutionGeneAdaptation (eye)GenomeExperimental evolutionPhenotypeGenetic architectureComparative genomics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Evolution reflects a balance between innovation and constraint, often repurposing existing components in new contexts. Convergent evolution exemplifies this interplay, with similar traits evolving independently in different species, yet the genomic mechanisms enabling such repeatability remain poorly understood. Here, by analyzing ten chromosome-scale genome assemblies, including seven newly generated, we discovered that the S-locus supergene (a cluster of tightly linked genes controlling a floral dimorphism called distyly) arose independently multiple times within the primrose family, Darwin's iconic system for studying distyly. In each case, the same gene was independently duplicated and co-opted, yet the resulting genomic architectures differed, ranging from hemizygous (present on one chromosome copy) to heterozygous (on both copies). These diverse architectures shaped supergene evolution differently, with genetic degeneration occurring only in the heterozygous case. By uncovering multiple mechanisms for supergene origins, our work shows how convergent evolution can produce similar phenotypes by reusing the same genetic building blocks while exploring distinct genomic configurations.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,190
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,206
Écart entre enseignants0,196 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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