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Enregistrement W4414770190 · doi:10.1101/2025.09.30.679621

Population-level migration modeling of North America’s birds through data integration with BirdFlow

2025· preprint· en· W4414770190 sur OpenAlexaff
Yangkang Chen, David Slager, Ethan Plunkett, Miguel Fuentes, Yuting Deng, Stuart A. Mackenzie, Lucas E. Berrigan, Daniel Fink, Daniel Sheldon, Benjamin M. Van Doren, Adriaan M. Dokter

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2025
Typepreprint
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueSpecies Distribution and Climate Change
Établissements canadiensBirds Canada
Organismes subventionnairesU.S. Geological SurveyMassachusetts Green High Performance Computing CenterNational Science Foundation
Mots-clésGlobal Positioning SystemData integrationData modelingProbabilistic logicGeneralizability theoryTracking (education)Movement (music)Statistical model

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Background Accurate information on population-level movements of migratory animals is essential for understanding migration and for designing effective conservation strategies in a changing world. Yet such information remains scarce for most migratory species due to the effort and expense needed to collect data across their full distribution ranges. BirdFlow is a probabilistic modeling framework that infers population-level movements from weekly species distribution maps produced by the participatory science project eBird. However, BirdFlow models have only been tuned for a handful of species using high-resolution individual tracking data, which is not available for most migratory species. Methods Here, we introduce a general tuning and evaluation framework for BirdFlow that enables the first large-scale integration of distributional and individual-level data to infer animal movement across continents and hundreds of migratory species, eliminating reliance on any single individual-tracking data source. By generalizing the BirdFlow model parametrization, we enable tuning and validation using multiple complementary data sources, including GPS tracks, banding recoveries, and radio telemetry data from the Motus Wildlife Tracking System. We investigate the efficacy of this approach by (1) investigating predictive performance compared to null models; (2) validating the biological plausibility of BirdFlow models by comparing movement properties such as route straightness, number of stopovers, and migration speed between model-generated routes and real movement tracks; and (3) comparing the performance of models tuned on species-specific movement data to models tuned using hyperparameters transferred from other species. Results Our results show that BirdFlow models produced by the new tuning framework achieve biologically realistic performance, even for prediction horizons of thousands of kilometers and several months. When species-specific data are unavailable, models can still be tuned using data from other phylogenetically adjacent species to achieve improved performance. Conclusions By integrating eBird Status & Trends abundance surfaces with data from banding recaptures, radio telemetry, and GPS tracking, we scale BirdFlow model to 153 North American migratory species, representing the first collection of continental-scale population-level movement and forecasting models. Species-specific tuning improves population-level movement forecasts, while taxonomically informed hyperparameter transfer supports the modeling of data-limited species. Overall, our work offers a foundation for more accurate predictions across hundreds of species for research in ecology and conservation, disease surveillance, aviation, and public outreach.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,007
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,062
Score d'incertitude au seuil0,123

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,007
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,054
Tête enseignante GPT0,253
Écart entre enseignants0,200 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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