Revealing pH-dependence and independence of the characteristics of a <i>β</i> sheet-forming antimicrobial <i>peptide</i> <sup>†</sup>
Notice bibliographique
Résumé
Membrane-active antimicrobial peptides (AMPs) are a promising potential solution to combat rising antimicrobial resistance (AMR) due to their selective interaction with negatively charged bacterial membranes, but their behavior is controlled by their charge states, which in turn depend on the local pH in which they find themselves. In this study, we employ constant pH molecular dynamics (CpHMD) simulations to investigate the pH-dependent behavior of a 13-residue-long positively charge AMP, GL13K, focusing on the deprotonation states of lysine residues in a single GL13K AMP and their impact on its structural dynamics. We determine pK a values of the critical lysine residues and show that the last lysine located near the C-terminus (LYS11) has a significant deprotonation difference with other lysine residues. We observe that increasing the pH results in changes in the metastable conformational states including collapse of the peptide and highlight the stabilization of a potentially therapeutically-relevant β hairpin configuration in pH levels leading to partial protonation of the lysines. Overall, our study shows the pH-dependent conformational dynamics and pK a variations of lysine residues in the GL13K antimicrobial peptide, providing critical insights into its structural behavior in solution. These findings establish a necessary rigorous foundation for further exploration of GL13K in more complex systems, advancing its potential development as an antimicrobial agent.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».