Elevated viral recombination in short-lived hosts
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Recombination (including reassortment) is a salient force in viral evolution and has been implicated in the emergence of several zoonotic pathogens in humans. Viral recombination occurs during simultaneous infection of an individual host with multiple genotypes (co-infection). Thus, processes which affect the incidence of a disease in the host population affect how often viral genotypes recombine. We investigate whether and how host traits affect the realized rate of viral recombination using a mathematical model that makes feedbacks between viral evolution and host ecology (in particular, lifespan) explicit. Our main result is that viruses of host species that are short-lived tend to recombine more frequently than those of relatively long-lived hosts. This is because of differences in population density and, thus, the prevalence of (co-)infection at equilibrium. Using highly pathogenic avian influenza sequence data, we test the prediction that recombination is elevated in short-lived hosts. In agreement with this prediction, the magnitude of statistical associations between mutations on different segments of the flu genome increases with host body size, a proxy for lifespan. Similarly, estimates of the reassortment rate from phylogenetic network analyses decrease with body size. We discuss the implications of these findings for disease emergence. Subject category Evolution Subject areas evolution, health and disease and epidemiology, ecology
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».