Genomic surveillance highlights key VP4/VP7 regions, dominant genotypes, and reassortment in bovine rotaviruses among diarrheic calves in China
Notice bibliographique
Résumé
1 A 21.46% detection rate of bovine RVs in diarrheic calves across 15 provinces in China during 2022-2023 shows clear seasonality and geographic patterns. 2 Key genomic regions in VP4/VP7 genes were identified for precise genotyping, and the genotypes of G6, G10, P[1], P[5], and P[11] are widely distributed in China. 3 A novel G10P[11] strain provides evidence of complex reassortment and ongoing evolution of bovine RVs. Bovine rotaviruses (RVs) have been confirmed as the important pathogen responsible for calf diarrhea, and in some instances posing a significant threat to public health. The genetic diversity of bovine RVs with at least thirteen P and fifteen G genotypes poses challenges to establish accurate detection methods and collect convincing clinical data, emphasizing the importance of understanding the epidemiological and genomic characteristics for combatting outbreaks. In the present study, the prevalence of bovine RVs in diarrheic calves across 15 provinces in China during 2022-2023 was monitored at a rate of 21.46%, and exhibits certain levels of seasonality and geographic specificity. By a comprehensive analysis based on 62 entire VP4 (determining P genotype) and 84 entire VP7 (determining G genotype) genes, two specific regions within the VP4 and VP7 genes, ranging from 310 to 595 bp and 260 to 631 bp, respectively, were identified as more accurate targets for assessing the evolutionary mechanisms of bovine RVs. Genotyping and phylogenetic analysis based on these genomic segments revealed the complexity of bovine RVs epidemics in China, with the dominant genotypes being G6 and P[1], and other genotypes such as G10, P[5], and P[11] being widely distributed. Further analysis in strain CHN/HLJ/N3/2023/G10P[11] provided evidence of multiple-genera reassortant and ongoing evolution of rotaviruses at the whole genome level. This comprehensive research brings valuable insights into the genetic patterns of bovine RVs, and such understanding is essential for addressing the challenges posed by the diverse genotypes of bovine RVs, which can significantly contribute to effective control measures against outbreaks in bovine populations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».