Phylogenomics of free-living neobodonids reveals they are a paraphyletic group from which all other metakinetoplastids are descended
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Kinetoplastea is a major taxon of microbial eukaryotes that includes the well-known trypanosomatid parasites, species of which cause diseases in humans, animals and plants. Free-living kinetoplastids are greatly understudied compared to their parasitic relatives, but are ecologically important microbivores, and collectively comprise the great majority of kinetoplastid diversity. For two decades kinetoplastids have been divided into prokinetoplastids and metakinetoplastids, with the latter further split into four orders, the most diverse of which is Neobodonida. However, the position of the root of the metakinetoplastids and whether neobodonids are a clade has remained unclear due to very limited multi-gene data from free-living kinetoplastids, particularly neobodonids. Here, we present transcriptomic data for eleven newly or recently cultivated free-living neobodonid kinetoplastids. Phylogenomic analyses of a de novo generated data set of 444 inferred orthologs and 49 taxa robustly resolve the kinetoplastid tree, including the position of the root of metakinetoplastids. This divides metakinetoplastids such that Trypanosomatida, Eubodonida, Parabodonida, Allobodonidae (formerly neobodonid clade 1E) and neobodonid clade 1D fall on one side, while neobodonid clades Nd6, 1B (Rhynchomonadidae) and 1C fall on the other. Neobodonids are thus inferred to be a paraphyletic group from which all other metakinetoplastids descend. This analysis is the most thorough examination of metakinetoplastid phylogeny thus far, and forms a new basis for tracing the evolutionary history of the entire kinetoplastid group. Significance statement This study provides transcriptomic data for 11 novel free-living kinetoplastid species, allowing the most accurate phylogeny of metakinetoplastids to date, revealing that neobodonids are paraphyletic and that eubodonids, parabodonids and trypanosomatids emerged within neobodonids. This new framework is essential for understanding the evolution of this major group of parasites and ecologically important free-living heterotrophs.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».