Oral Microbiota Composition in Children and Adults During Spanish COVID-19 Lockdown: Impact of Home Self-Confinement and SARS-CoV-2 infection
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background The COVID-19 pandemic changed society’s habits and customs due to the social restrictions and health measures imposed during the first half of 2020. This study analyzes the composition of the oral microbiota in relation to age, household cohabitation, SARS-CoV-2 infection, and COVID-19 severity among children and adults under home confinement in Barcelona, Spain. Methods A prospective study conducted involving children and adults confined during the COVID-19 pandemic in the Barcelona Metropolitan Area between April and June 2020 included multiple cases of several participants living within the same family household. Saliva samples were collected from all participants, and microbiota composition was characterized through 16S rRNA gene sequencing. Results A total of 142 adults and 265 children living in 121 family households were included in the study. All 142 adults had a prior confirmed SARS-CoV-2 infection, and 20 (14.08%) of them had a history of severe COVID-19. SARS-CoV2 infection was detected in 58/265 (21.89%) of children; all of them were asymptomatic. Oral microbiota composition and diversity did not differ by SARS-CoV-2 infection status in children. In contrast, adults with severe COVID-19 exhibited lower microbiota diversity and distinct microbiota composition compared to those with mild disease symptoms. Age-related differences in oral microbiota composition were marked in the younger children groups. Additionally, cohabiting individuals shared more Amplicon Sequence Variants (ASVs) than non-cohabitants. Conclusions Age and cohabitation strongly influenced oral microbial composition. Our study demonstrates that oral microbiota composition in adults varies according to COVID-19 severity, whereas such microbial shifts are not observed in asymptomatic pediatric populations, regardless of infection status.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».