Genomic Islands in <i>Wolbachia</i> Prophages Drive Amplification and Diversification of Cytoplasmic Incompatibility Genes in <i>Culex pipiens</i>
Notice bibliographique
Résumé
Wolbachia are maternally inherited endosymbiotic bacteria widespread among arthropods. They manipulate their host reproduction to enhance their prevalence in host populations. The most common manipulation is cytoplasmic incompatibility (CI), which causes embryonic death in crosses between infected males and uninfected females, or between individuals carrying incompatible Wolbachia strains. CI patterns are highly complex in the mosquito Culex pipiens, where the causal genes cidA and cidB are amplified and diversified, forming a "cid repertoire" within each Wolbachia wPip genome. Despite their central role in CI, the genomic mechanisms underlying such cid amplification and diversification remain poorly understood. This knowledge gap is largely due to the difficulty of assembling wPip's genomes due to highly repeated genes and mobile elements, especially in WO prophages. Here, we directly annotated Illumina-corrected Nanopore sequences to investigate the genomic flanking context of cid genes in 3 distinct wPip lineages. We assembled WO prophage regions of substantial length containing the entire cid repertoire previously described in these bacterial lineages. Within these WO regions, cid genes are consistently embedded in modular and rearrangeable islands composed of MutL, rnhA, and small mobile elements, all displaying hyperconserved nucleotide identity across islands. These genomic islands are probably drivers for major rearrangement and recombination events responsible for the amplification and diversification of cidwPip genes within and between the wPip genomes, leading to CI complexity in C. pipiens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».