PSXI-1 Identifying genomic regions linked to novel reproductive traits in Holstein cattle.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Estrus behavior is an important driver of reproductive success in dairy cows, with direct impacts on fertility and herd productivity. Recent studies highlight the genetic variability in estrus behavior, however regions in the bovine genome underlying this variability need to be determined. Genome-wide association studies can be a powerful approach to discover those genomic regions and potentially enable improved selection strategies for reproductive efficiency. Single-step genome wide association study will be used to investigate the genetic architecture of estrus behavior in Holstein cows by integrating pedigree and genomic data. Three estrus-related traits derived from activity-monitoring collars (CowScout; GEA, Düsseldorf, Germany) will be analyzed: Calving to first estrus activity with 3,569 records on 2,465 cows, maximum intensity of estrus behavior with 9,078 records on 2,465 cows, and estrus duration with 9,078 records on 2,465 cows. In total, 1,434 phenotyped cows and 797 animals in the pedigree were genotyped. The proportion of genetic variance explained by 10-single nucleotide polymorphism (SNP) sliding windows across the genome will be estimated using the BLUPF90 suite. Genomic windows explaining ≥ 0.5% of the additive genetic variance will be mapped for candidate genes and quantitative trait loci using GALLO R package for the three reproductive traits. A functional enrichment analysis will be conducted to explore the biological relevance of the identified genes. Descriptive analysis revealed considerable variability among these traits, with calving to first estrus activity averaging 54.1 days (SD = 39.6, CV = 73.2%), maximum intensity of estrus behavior at 30.6 (SD = 16.1, CV = 52.7%), and estrus duration at 10.8 hours (SD = 3.6, CV = 33.8%). The findings from this study will contribute to a deeper understanding of the underlying genetic mechanisms of estrus behavior in Holsteins. The new insights could unravel new potentials to improve fertility and reproductive traits in dairy cattle breeding programs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».