74 Genome-wide association study for gestation length in Canadian beef cattle.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Gestation length (GL) is an important economic trait in beef cattle due to its impact on birth weight, calving ease, and cow longevity. Both genetic and environmental factors influence GL. Identifying the genetic components of GL will aid in predicting the GL of a calf. Previous genome-wide association studies (GWAS), primarily in dairy cattle, have commonly associated GL with Bos taurus autosome (BTA) 18, though significant associations have also been identified on BTA 2-5, 7-14, 19, 21, 22, 26, and 28. The present study aimed to compare the genomes of Canadian beef sires with GL data of offspring to identify regions associated with GL. In collaboration with Canadian purebred beef producers and beef breed associations, calving records of 80,903 purebred calves (46,005 Breed A, 533 Breed B, 33,401 Breed C, and 964 Breed D) from 2,924 purebred or fullblood bulls (2,218 Breed A, 11 Breed B, 656 Breed C, and 39 Breed D), were analyzed. GLs and birth weights were adjusted using linear and exponential regression models for calf sex, dam age, and birth year. Calf GLs were significantly different (P<0.001) between the four breeds, with Breed A at a mean of 304 ± 2 days, Breed B at 285 ± 1 days, Breed C at 283 ± 1 days, and Breed D at 282 ± 1 days. Birth weights were also significantly different (P<0.001) with means of 42 ± 2 kg for Breed C, 41 ± 2 for Breed A, 40 ± 2 for Breed D, and 39 ± 2 for Breed B. The breeds with larger birth weights did not have the longest GLs. Additionally, Breeds A, B, and D showed an inverse relationship between birth weight and GL in a ten-year period. Breeds A and B decreased birth weights while slightly increasing GL. Breed D decreased GL while increasing birth weight. For the GWAS, 74 unrelated bulls (3 Breed B, 56 Breed C, and 15 Breed D) were genotyped using single nucleotide polymorphism (SNP) panels ranging from 50K to 777K SNPs and all data were imputed to 777K SNPs. 491,357 SNPs remained after imputation and quality filtering. The bulls’ phenotypes for the GWAS were their average offspring GLs, which were adjusted with a linear regression model for breed, calf sex, dam age, and birth year. Using the BLINK and MLMM models in GAPIT 3.5.0, one SNP on BTA11 was significantly associated with GL (Benjamini-Hochberg adjusted P<0.01). Contrary to prior studies, no significant markers were found on BTA 18. These results aid in further mapping of a reproductive trait of interest and may aid in selection decisions for beef cattle producers.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».